SMK Islam Yapim Manado menyelengarakan ekstrakurikuler Tuntas Baca Tulis Qur’an (TBTQ) bagi peserta didik yang tidak atau belum lancar membaca Al-Qur’an. Kegiatan ini biasa disebut mengaji. Namun selain mengaji peserta didik juga dilatih untuk belajar menulis khat hijaiyyah. Ekstra ini dilaksanakan setiap semimggu sekali jadwal pelaksanaan diagendakan setiap hari sabtu satu jam sebelum proses pembelajaran berlangsung. Untuk peserta didik yang sudah lancar, baik, dan fasih dalam membaca Al-Qur’an akan diberikan pilihan ekstrakurikuler Tilawatil Qur’an.