SMK Islam Yapim Manado memiliki ruangan ibadah ber-ac yang representatif berupa mushola yang biasanya digunakan seluruh warga sekolah untuk sholat khususnya sholat dzuhur dan asyar. Selain itu ruangan ini juga digunakan untuk praktik-praktik keagamaan berbasis mata pelajaran seperti ekstrakurikuler mengaji, praktik ujian sekolah, pembinaan kerohanian Islam atau Rohis.
