SMK islam Yapim Manado memiliki empat Wakil Kepala Sekolah yakni Wakasek Kurikulum, Sarana dan Prasarana, Kesiswaan, dan Hubungan Masyarakat dan Kerjasama Industri.
Dra. Maimuna Mokoagow
Wakasek Kesiswaan
Tugas utamanya adalah membantu Kepala Sekolah dalam bidang kesiswaan.
Agustin Fitria Gani, ST
Staf Wakasek Kesiswaan
Tugas utamany adalah membantu Wakil Kepala Sekolah Bidang Kesiswaan dalam menjalankan tugas pokok dan fungsinya.