SMK islam Yapim Manado memiliki empat Wakil Kepala Sekolah yakni Wakasek Kurikulum, Sarana dan Prasarana, Kesiswaan, dan Hubungan Masyarakat dan Kerjasama Industri.
Udin Dunggio, S.Pd
Wakasek Sarana Prasarana
Tugas utamanya adalah membantu Kepala Sekolah di Bidang Sarana Prasarana.
Agustin Fitria Gani, ST
Staf Wakasek Sarana Prasarana
Tugas utamanya adalah membantu Wakil Kepala Sekolah di Bidang Saspras dalam menjalan tugas pokok dan fungsinya.